分子軌道通常會以原子軌道線性組合（LCAO-MO法）表示，尤其是在進行定性或近似分析的時候。

它們的寶貴之處在于對分子鍵結(jié)提供了簡單的模型，使之能透過分子軌道理論了解。現(xiàn)今大多數(shù)用于計算化學(xué)的方法由計算系統(tǒng)的MO開始。分子軌道描述一個電子在原子核產(chǎn)生的電場中的表現(xiàn)，以及與其他電子的平均分布。根據(jù)泡利不相容原理，兩個電子占據(jù)相同軌道時，必須具有相反的自旋。

這注定只是一個近似值，能夠高度精準描述的分子電子波函數(shù)并沒有軌道。